Historie Labské boudy začíná v roce 1830, kdy v těchto místech podnikavá žena zvaná die Blasse vystavěla malou budku z kamení, kůry a roští, v níž prodávala kozí sýr, mléko a kořalku. Pozdější majitelé Devátové a Šírové z Rokytnice nad Jizerou rozšířili původní primitivní budovu tak, aby sloužila i k ubytování návštěvníků. V letech 1878–1879 přestavěl boudu hrabě Jan Harrach a dalšími přístavbami ji zvětšoval ještě v letech 1888–1889. V roce 1904 zde zřídil první přírodní rezervaci v Krkonoších. Labská bouda byla velice oblíbená. Hosté si tu mohli pochutnat na krkonošském kyselu, chlupatých knedlících se škvarky a zelím i na chlebu pečeném přímo v objektu.
O Velikonocích 24. března 1913 se v okolí Zlatého návrší a Labské boudy konal mezinárodní závod na 50 km. Začal za nádherného počasí (závodníci vyběhli jen nalehko oblečeni), které se však změnilo v peklo. Závod musel být zrušen a všichni závodníci, kromě Bohumila Hanče, byli zastaveni. Jemu se vydal na pomoc jeho přítel, lyžař Václav Vrbata, který jej našel a věnoval mu, vyčerpanému a promrzlému, horní části svého oděvu. Oba však v prudké vánici zahynuli. Václav Vrbata byl nalezen zmrzlý v místě dnešní mohyly na Vrbatově návrší, Bohumil Hanč byl nalezen podchlazený bez známek života v místě dnešního Hančova pomníčku nedaleko Pančavského vodopádu a zemřel právě na Labské boudě.
Od roku 1934 byl nájemcem Bedřich Hloušek, významný milovník hor a vlastenec, jehož život skončil po zatčení gestapem. Později si objekt pronajal Josef Zapadlo. Dne 6.11.1965 bouda kvůli neopatrnému zacházení řemeslníků s benzínovou lampou vyhořela.
Dne 12.6.1969 byl položen základní kámen nové, moderně pojaté devítipatrové železobetonové panelové budovy, jež byla slavnostně otevřena 15. listopadu 1975. Budovu navrhl architekt Zdeněk Říhák. Budova je umístěna ve svahu – hlavní vchod je v úrovni nejvyššího podlaží. Hotel má 79 pokojů s celkovou kapacitou 120 hostů. Jeho součástí jsou mimo jiné dvě restaurace. Do roku 1996 ji provozovaly Krkonošské hotely – státní podnik. V říjnu 1996 byla Labská bouda v rámci velké privatizace odprodána soukromému subjektu. Po rekonstrukcích v letech 1998 – 2004 dochází k jejímu znovuotevření.
Od října 2018 provozuje objekt společnost Labská spol. s r.o. Labská bouda bude postupně rekonstruována do stavu, který nejen zkrášlí její vzhled, ale nabídne návštěvníkům i kvalitnější ubytování a nové možnosti pro trávení volného času v překrásných partiích vrcholků Krkonoš.